Il pappagallo Kakapo
Salvare le specie dall'estinzione - il sequenziamento della popolazione kakapo di alta qualità fornisce una svolta nella comprensione della genetica chiave della conservazione
Il kakapo è un pappagallo notturno longevo, in grave pericolo di estinzione, endemico di Aotearoa in Nuova Zelanda. Il sequenziamento di alta qualità di quasi l'intera popolazione di kakapo, finanziato attraverso un progetto Genomics Aotearoa, sta aiutando la Nuova Zelanda a gestire la salute di questa specie in pericolo critico. Non solo sta già facendo la differenza per la sopravvivenza del kakapo, ma stabilire metodi di sequenziamento per lavorare con le popolazioni minacciate sarà anche probabilmente la base per il futuro della scienza della fauna selvatica in via di estinzione in Nuova Zelanda e nel resto del mondo.
I metodi, descritti su Nature Ecology & Evolution (1), sviluppati dal dottor Joseph Guhlin (2), dell'University of Otago, e un team internazionale per studiare il kakapo, hanno rivelato aspetti importanti della biologia di questo pappagallo. I principi, il codice riutilizzabile e la pipeline sono un progetto e uno strumento per la genomica di conservazione in altre specie, in particolare quelle gestite intensamente. Questo ha enormi implicazioni.
Il lavoro del dottor Guhlin nell'ultimo anno ha ottenuto due risultati molto significativi:
- Una comprensione approfondita della biologia kakapo che semplicemente non sarebbe possibile senza la genomica;
- Un codice di alta qualità e pipeline riutilizzabile - che consentono ad altri ricercatori di integrare rapidamente questi metodi nel proprio lavoro - che ha notevolmente avanzato la capacità genomica della Nuova Zelanda.
Ciò ha dato ai ricercatori gli strumenti necessari per identificare specifiche caratteristiche genetiche che sono cruciali per la sopravvivenza.
«Utilizzando la tecnologia creata da Google, abbiamo raggiunto quello che è probabilmente il set di dati variante di altissima qualità per qualsiasi specie in via di estinzione nel mondo. Questo set di dati è reso disponibile, attraverso DOC e Ngai Tahu, per i futuri ricercatori che lavorano con Kakapo», ha detto il dottor Guhlin.
Il dottor Andrew Digby (3), consigliere scientifico del Dipartimento di Conservazione per il recupero del pappagallo Kakapo, crede che gli strumenti genetici forniti da questo studio faranno un'immensa differenza per la conservazione del kakapo. Egli sostiene che «Il Kakapo soffre di malattie e bassa produzione riproduttiva, quindi comprendendo le ragioni genetiche di questi problemi, ora possiamo contribuire a mitigarli. Ci dà la capacità di prevedere cose come la crescita dei pulcini kakapo e la suscettibilità alle malattie, il che cambia le nostre pratiche di gestione sul campo e contribuirà a migliorare i tassi di sopravvivenza».
Mentre lo studio segna l'inizio di una nuova era della genetica della conservazione del kakapo, il dottor Digby riconosce cosa significa per il futuro di tutte le specie minacciate. «Il progetto Kakapo125+ è un ottimo esempio di come i dati genetici possano aiutare la crescita della popolazione. I nuovi strumenti genetici e di apprendimento automatico sviluppati possono essere applicati per migliorare la produttività e la sopravvivenza di altre specie sotto la gestione della conservazione».
Genomics Aotearoa è una piattaforma collaborativa di 10 istituti di ricerca e università, istituita per garantire che la Nuova Zelanda partecipi e guidi a livello internazionale nei campi in rapido sviluppo della genomica (lo studio del genoma, l'insieme completo di materiale genetico presente in una cellula o in un organismo) e della bioinformatica (lo sviluppo di metodi e strumenti software per comprendere i dati biologici derivati dalla genomica). Un aspetto importante dell'approccio di ricerca di Genomics Aotearoa è che lo sviluppo e la messa a punto dei processi genomici in una specie produrrà potenzialmente preziose tabelle di marcia per analizzare la diversità genetica in altre attraverso l'uomo, l'ambiente e la produzione primaria. Questo sta già iniziando ad accadere. (4)
Riferimenti:
(1) Species-wide genomics of kakapo provides tools to accelerate recovery
(3) Andrew Digby
Descrizione foto: Il pappagallo Kakapo nella tana. - Credit: Jake Osborne.
Autore traduzione riassuntiva e adattamento linguistico: Edoardo Capuano / Articolo originale: Saving species from extinction - high-quality kakapo population sequencing provides breakthrough in understanding key conservation genetics